La Junta Directiva es el órgano ejecutivo de la Asociación, que actúa como órgano delegado de la Asamblea General, en aquellas competencias que no estén atribuidas expresamente a los demás órganos de la Asociación.
Está formada por el Presidente o Coordinador del Grupo, el Consiliario, cinco padres designados por el Comité de Padres y cinco responsables (uno por cada unidad) designados por el Consejo de Grupo. Se elige por un período de un año y sus acuerdos se adoptan por consenso.
Se reúnen cuando los asuntos a tratar lo exija y entre sus funciones se encuentran:
- La admisión de nuevos miembros a propuesta del Secretario
- La propuesta a la Asamblea de nombramiento de Coordinador General.
- La propuesta de nombramiento de los integrantes del Comité de Padres
- Resolver los conflictos que surjan entre los distintos órganos de la Asociación, previa audiencia de los afectados.
- Establecer una propuesta común consensuada cuando las iniciativas del Consejo de Grupo y del Comité de Padres sean divergentes, siendo esta propuesta de la Junta Directiva la que deberá deliberarse por la Asamblea, cuando esta sea la llamada a pronunciarse según sus competencias. En éste como en los demás casos, el Consejo de Grupo y el Comité de Padres deberán acatar los acuerdos que la Junta Directiva dicte en el marco de sus competencias.
- Designar a los responsables, cuyo nombramiento deberá ser sometido a la Asamblea General.
- Mantener relaciones periódicas con el Rector y Director del Colegio San Estanislao, informando de los proyectos y evolución del Grupo.
- Convocar la Asamblea Ordinaria y las Extraordinarias.
- Proponer a la Asamblea la disolución de cualquiera de las Unidades, Secciones o Ramas que conforman la Asociación.
- Aprobará o modificará el Proyecto Educativo del Grupo.